隆平高科總經理顏衛彬提出公司的困惑，雖然袁隆平是公司的名譽董事長且為公司第三大股東，但他以造福人類為己任，對自己的研究成果，從不保密。所以公司并非獨家受益，在其研究最新成果之后，其他研究機構或種業公司很快也能獲得相關技術。

　　而事實上，即使公司想刻意保密，也會由于培育種子多以租用農民田地，非封閉的培育方式，使得其最新培育種子的親本很難得到保護。問題的關鍵在于知識產權的保護。

　　目前中國已經頒布實施了《植物新品種保護條例》，但效果并不明顯。隆平高科彭光劍認為，其原因在于缺乏相應的監控和處罰措施，使得種子的私下轉讓、假冒侵權、盜取親本得不到嚴厲的懲治。

　　2003年隆平高科的控股子公司湖南湘研種業有限公司曾研制出湘辣1號_4號辣椒新品種，該品種不僅大幅提高單畝產量而且還解決不同口味的配套品種。按當時辣椒的市場價，每畝能獲得約1萬元的收入。為此，批發價達到260元/斤，零售價一度被炒到2600 元/斤。而該品種使得公司年銷售額達4000萬元，占據全國辣椒市場70%的市場份額。但不到一年的時間，該技術就被其他種業公司所熟知，稍作改進后即推向市場。不到三年的時間，該品種的銷量由原來的16萬斤下降到3萬斤。

　　知識產權保護不利，但是地方保護主義卻很突出，這集中體現在良種補貼政策的被濫用上。登海種業于2005年4月上市，但在次年2006年即出現利潤大幅下滑。主營收入和凈利潤分別下降了31%和92%。

　　對此，公司解釋是兩個重要原因造成的，一是國家為了促進農民增收，對農民實行“良種補貼”政策，但在公司產品的主要銷售區域，部分執行部門在各自的轄區內實行指定品種、限價購種、定向發放補貼的做法，而將公司的產品排除在指定品種之外，對公司的產品價格造成沖擊，直接影響產品銷售量和銷售收入。

　　據各省農業廳網站公開信息顯示，河北省農業廳2006年主要推廣技術品種中，指定玉米種子品種17個，只有1個是外地品種；天津市農業廳指定4個品種，有3個是本地產品；山東省農業廳和山東省科技廳指定的推廣玉米品種14個，11個是本地產品。

　　而在一些縣還有著特殊的現象：一家種子科研公司在某縣要想中標種子的政府采購，需要很多“回扣”。在某縣，據說如中標250萬公斤小麥種子，縣里除要求每公斤提成6分錢，還要“贈送”兩輛桑塔納、10臺電腦，并組織一次“歐洲游”。

　　二是生產成本加大。
        主要制種區為保證制種農戶的收入，提高了種子收購最低保護價，使得種業公司每畝地制種生產成本較往年增加了約18%，導致利潤下降。